این دفتر با بکار گیری کارشناسان و متخصصان با تجربه با گرایشهای مکانیک، شیمی و برق و ارتباط با مراکز دانشگاهی، تحقیقاتی و صنعتی و ارتقاء سطح علمی اين عزیزان با شرکت در دوره‌های آموزشی داخلی و خارجی سعی در تربیت نیروی فنی متخصص در زمینه انرژی هیدروژنی و پیل سوختی داشته و دارد.
راه اندازی واحدهای آزمایشگاهی و پایلوت در بخشهای هیدروژن و پیل سوختی، انجام مطالعات در خصوص سیستمهای فوق الذکر در قالب چندین مجلد، همکاری با مشاوران ذیصلاح داخلی و خارجی که نتیجه آن انجام اقداماتی می‌باشد که به تفصیل در توضیح فعالیتهای هر یک از گروهها خواهد آمد.
همچنین این دفتر با هدف تجمیع فعالیتهای مربوط به هیدروژن و پیل سوختی و آگاهسازی محققان و دانش پژوهان کشور اقدامات ترویجی نظیر چاپ نشریه هیدروژن و پیل سوختی، تولیت وب سایت تخصصی، ارائه تسهیلات مالی و فنی به مراکز دانشگاهی و پژوهشی در قالب حمایت از پایان نامه‌های مرتبط با فعالیتها و اهداف سند ملی پیل سوختی به انجام رسانده است که در ادامه آن در صدد ایجاد صندوق حمایت از صنعتگران و محققان در بخش انرژی هیدروژن و پیل سوختی می‌باشد.
امید است با توجه به مشکلات عدیده زیست محیطی و آلودگی ناشی از کثرت مصرف منابع فسیلی و تنوع بخشی به سبد انرژی کشور و دست یافتن به جایگاه در خود کشورمان در این زمینه، شاهد رشد افزون فن‌آوری انرژی هیدروژنی، تربیت نیروی انسانی ماهر و متخصص و همچنین بومی‌سازی فن‌آوریهای وابسته به این حامل نوین انرژی در کشورمان باشیم.
دفتر هیدروژن و پیل سوختی از ابتدای شکلگیری سازمان انرژیهای نو و در چارچوب اهداف عالیه سازمانی تشکیل گردید و فعالیتهای خود را در قالب سه گروه تخصصی اصلی تا امروز ادامه داده است. اقدامات و جهت‌گیریهای این دفتر عموماً در راستای توسعه سیستمهای انرژی هیدروژنی در چرخه انرژی کشور به عنوان حامل انرژی در عصر حاضر و با اهداف اجرایی شدن برنامه‌های توسعه اجتماعی اقتصادی فرهنگی جمهوری اسلامی ایران و اهداف مندرج در سند چشم انداز بیست ساله کشور دنبال می‌شود.
فعالیتهای دفتر هیدروژن و پیل سوختی در قالب سه گروه تخصصی فناوریهای زیرساختی و فراورش سوخت،فناوریهای مصرف هیدروژن(پیل سوختی) و گروه سامانه های ذخیره و تلفیق انرژی طبقه بندی میشود . در ذیل این مجموعه سایت انرژی های نو طالقان و دبیرخانه کمیته راهبری پیل سوختی نیز درقالب فعالیتهای دفتر گنجانده شده است.
این فعالیتها عمدتاً شامل شناخت و توسعه تکنولوژیهای زیرساختی انرژی هیدروژنی (تولید، ذخیره، عرضه و مصرف هیدروژن)، سیاستگذاری در امر توسعه سیستمهای انرژی هیدروژنی، حمایت از فعالیتهای تحقیقاتی مؤسسات، دانشگاهها و پژوهشگاهها در زمینه‌های مختلف مرتبط با توسعه فناوریهای انرژی هیدروژنی و برنامه‌ریزیهای آینده این تکنولوژی در کشور می‌باشد.
همچنین به منظور ایجاد آشنایی بیشتر محققین، مهندسین، سیاستگذاران امر، دانشجویان و دانش آموزان و نیز فرهنگ‌سازی عمومی اقشار جامعه با مزایا، قابلیتها و انواع سیستمهای هیدروژنی و همچنین اجرای پایلوتهای تحقیقاتی سیستمهای مختلف انرژی هیدروژنی، در سایت انرژیهای نو طالقان پروژه‌های متعدد و مختلفی در زمینه‌های تولید، عرضه و ذخیره و مصرف هیدروژن (پیل سوختی) اجرا شده است. نمایش عملکرد سیستم های پیل سوختی هیدروژن به دلیل ایجاد فضای علمی تحقیق و همچنین فرهنگ‌سازی در این بخش در زمره اهداف کیفی سازمان می‌باشد. به همین دلیل سایت انرژیهای نو طالقان با هدف تمرکز این فن آوریها و به منظور نمایش عملکرد سیستمهای مختلف هیدروژنی و ارتباط آن با سایر منابع تجدیدپذیر از جمله انرژی خورشیدی احداث گردیده است.
از سوی دیگر با توجه به جایگاه خاص سیستمهای پیل سوختی به عنوان فن‌آوری پیش گام در تحقق عصر هیدروژنی، مطالعاتی با همکاری وزارتخانه‌های علوم، تحقیقات و فناوری، دفاع، نفت، صنایع و معادن و دفتر همکاریهای فناوری ریاست جمهوری و سایر مراکز ذینفع با هدایت و مدیریت مطالعات توسط این سازمان به نمایندگی از وزارت نیرو منجر به تدوین «سند راهبرد ملی توسعه فناوری پیل سوختی کشور» گردید که رئوس فعالیتها و اهداف چشم انداز موجود برای کشور در آن درج گردیده است و در تیرماه سال 1386 به تصویب هیئت دولت رسید.